La présence humaine à Quesnoy remonte au moins à l'Antiquité, car on a découvert sur son territoire des tuiles gallo-romaines. La première mention écrite connue de l'existence d'un village date toutefois de 1143. Le nom Quesnoy évoque un lieu planté de chênes.

La Deûle a joué un rôle majeur dans la vie de Quesnoy, et il est logique qu'elle apparaisse aujourd'hui dans le nom même de la commune. Les documents conservés du Moyen-Âge, une charte de Jeanne de Flandre au XIIIème siècle relative à la navigation et à la gestion de l'écluse déjà existante, une commande d'équipement de moulin hydraulique au XVème siècle, concernent des activités liées à la rivière. Il faut aussi mentionner une autre source d'activités, le passage de la route Lille-Ypres, villes importantes à l'époque. Quesnoy vit dans un monde féodal et a un seigneur et un château, surveillant l'écluse et le passage sur la Deûle.

Les Quesnoysiens, sujets du comte de Flandre au XIVème siècle, du duc de Bourgogne au XVème, du roi d'Espagne au XVIème, du roi de France à partir de 1668, subissent les conséquences des grands événements du temps : épidémies de peste, guerre de Cent Ans, ou plus exactement les guerres de Flandre qui l'accompagnent, avec notamment une bataille en 1347, et surtout guerres de religion. Le château et l'église sont ainsi détruits en 1579, ils seront rebâtis en 1599. De ce château, nous conservons une représentation suffisamment précise pour qu'un ébéniste local, M. Vantorhoudt, en ait fait une maquette.A partir de là, le Quesnoy que nous connaissons se met en place : agrandissement de l'église, construction d'une maison commune, ancêtre de la mairie, de quais et d'un pont (à péage) ont laissé des traces dans les archives au long du XVIIIème siècle. Il subit encore des guerres : invasion autrichienne en 1792, occupation saxonne en 1815, après Waterloo et la chute de Napoléon 1er. Mais c'est la Révolution Française qui va lui donner une impulsion nouvelle : désormais pourvu d'une municipalité élue, avec à sa tête un maire, il devient dans la grande réorganisation administrative qui crée les départements un chef lieu de canton, ce qu'il restera jusqu'en 2014. Ce rôle conforte sa place de bourg rural.

Le XIXème siècle voit le développement de ce bourg, et, surtout après 1850, son industrialisation ; les usines s'appuient largement sur les productions de l'agriculture locale : huileries, brasseries, teillages et filatures de lin prospèrent. Les transports progressent : ouverture de la ligne ferroviaire Lille-Comines en 1876, d'une ligne de tramway vers Lille quelques années plus tard, élargissement de la Deûle pour permettre le passage de péniches au gabarit Freycinet de 380 tonnes, création d'un nouveau pont (basculant) en 1872. La population augmente, passant de 4000 habitants en 1802 à 5328 en 1891. Ce développement s'accompagne malheureusement d'une pollution importante de la Deûle, devenue un véritable égout à ciel ouvert.

La première Guerre Mondiale va briser cet élan ; occupée 4 ans par les Allemands, d'octobre 1914 à octobre 1918, bombardée en conséquence par les Anglais - le front est à quelques kilomètres-, Quesnoy, qui doit ajouter près de 50 civils à ses morts militaires, est détruit à 95% et transformé en désert : la population restante a été évacuée par les Allemands en juin 1917. Dés 1919, la vie reprend, dans des baraquements le plus souvent, mais tous les habitants, et surtout les usines qui les employaient, ne reviendront pas. Malgré un plan de reconstruction ambitieux de l'architecte quesnoysien Edouard Lepercq, autour d'une vaste place, plan exécuté sur quelque dix ans et qui ne sera pas d'ailleurs totalement réalisé, la population reste médiocre : 3500 personnes en 1936. Il en reste toutefois une structure d'agglomération cohérente, et quelques bâtiments d'architecture intéressante : la grande église Saint-Michel, la mairie, quelques maisons sur la place et rue Belle-Croix.

La seconde Guerre Mondiale, même si elle voit le pont routier à nouveau détruit et entraîne bien sûr quelques morts, ne marque pas beaucoup Quesnoy. La ville est incluse dans la Communauté Urbaine de Lille lors de la création de celle-ci, mais il faut attendre les années 80 pour qu'elle reprenne son développement et retrouve sa population d'avant 1914. Depuis 1990 d'importants aménagements ont par ailleurs transformé la Deûle et son environnement.